Taxonomie

La taxinomie (du grec taxis : rangement et nomos : loi) est la partie de la biologie visant à établir une classification systématique des êtres vivants.

Préférer taxinomie à taxonomie.

Toutes les classifications se présentent sous la forme d'un arbre (classement arborescents), depuis une racine incluant tous les êtres vivants existant ou ayant existé, jusqu'aux individus. Chaque nœud de l'arbre définit un taxon, qui groupe tous les embranchements qu'engendre le nœud.

Le scientifique suédois Carl von Linné (1707 - 1778) posa les fondations de la systématique, et fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique scientifique jusqu'au milieu du XXe siècle.

Cette classification traditionnelle, fortement anthropocentrique, fait encore, en ce début du XXIe siècle, partie du bagage culturel commun. En fait, il y a un très grand nombre d'arbres de classement possibles et la classification traditionnelle est en grande partie arbitraire. Le classement détaillé fut ainsi un sujet incessant d'arguties entre systématiciens, en partie à cause de l'absence de critères objectifs pour la création de groupes.

Dans la deuxième moitié du XXe siècle est apparue l'approche phylogénétique pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire la généalogie du vivant. La notion même d'une telle généalogie est une conséquence de la théorie de l'évolution, et le succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie. L'approche phylogénétique demande que les taxons soient limités à ceux qui respectent les deux conditions suivantes:

• tous les individus du taxon descendent d'un individu ancestral particulier;
• tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.

On parle alors de taxon monophylétique ou clade. Cette contrainte a amené des modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens commun » modelé par l'héritage culturel. Ainsi les dinosaures n'ont pas disparu, la systématique moderne incluant les oiseaux dans le groupement « dinosaures ».

Parmi d'autres exemples, les taxons traditionnels comme reptiles, poissons, algues, dicotylédones, pongidés, n'ont pas droit de cité en systématique phylogénétique, car considérés polyphyléthiques (origines multiples) ou paraphylétiques (incomplets). D'autres ont survécu avec quelques séquelles, comme champignons. Enfin, certains ont surmonté la tempête, comme animal (métazoaires) ou mammifères. Remarquons qu'il n'y avait rien d'évident à ce que tous les animaux multicellaires partagent un ancêtre commun qui les sépare de tout végétal ou champignon.

Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.

• L'approche cladistique cherche en particulier à déterminer les caractères propres à une branche, qui « signent » une divergence.
• L'approche phénétique, une classification basée uniquement sur des mesures de distance entre taxons (évaluées par exemple en comptant les différences de séquence d'ADN) sans chercher à faire une interprétation phylogénétique.

Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications strictement cladistiques en passant par différents mélanges par exemple gardant les catégories, mais s'alignant sur les découvertes récentes en matière de phylogénie.

Un concept important de classification, qui reste valide, est celle d'espèce. Ce groupement est relativement bien défini, du moins pour les espèces à reproduction sexuée.

Une espèce groupe les individus potentiellement inter-reproductibles. Cette définition est loin d'être totalement opérationnelle (individus de même sexe, individus n'ayant pas vécu en même temps, ou trop loin l'un de l'autre, dérives géographiques comme dans le cas du goéland argenté…), mais dans l'ensemble elle fournit une base de travail acceptée. Dans le cas de la reproduction strictement asexuée, on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement phylogénique. Le cas des entités à la limite du vivant (virus, prions) est encore différent; elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle des symbioses strictes, comme les lichens (qui combinent une partie d'origine champignon, et une partie photosynthétique, d'origine différente).

Les espèces sont nommées selon le système binominal mis en place par Linné. Un nom d'espèce est composé d'un nom de genre, en latin, suivi d'un qualificatif d'espèce, aussi en latin, suivi (en toute rigueur) de la mention d'origine (auteur et date). Par exemple, Panthera leo Linnaeus, 1758 désigne l'espèce plus communément appelée lion.

• Classification scientifique ( classification traditionnelle)
• Classification phylogénétique (depuis 1990 environ)
• Taxonomie (l'emploi de taxonomie est déconseillé ; préférer taxinomie)

• [1] une classification visant à couvrir tout le vivant, aisée à parcourir
• [2] base de données de publications, très technique
• [3] Code international de nomenclature botanique de Saint-Louis

• [R1] Classification phylogénétique du vivant, Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Belin