Kristian Nissen var en norsk teolog og prest. Nissen samlet et stort materiale til belysning av Finnmarks og samenes historie og kultur, om Lars Levi Læstadius og læstadianismen og om eldre norsk kartografi, og han offentliggjorde en rekke arbeider fra disse studieområder.
Nissen ble cand.theol. i 1902, studerte kvensk og samisk, ble sogneprest i Karasjok fra 1904 og ordfører samme sted fra 1908 til 1910. Nissen var med i den norsk-svenske reinbeitekommisjonen fra 1909 til 1912. I 1912 tiltrådte han den nyopprettede stillingen som reindriftsinspektør. Han var domprost i Tromsø fra 1926 og sogneprest i Lier i perioden 1936 til 1949. Som pensjonist var han tilsynsmann for Fridtjof Nansens hjem Polhøgda fra 1951.
Han var sønn av kartografen Per Schjelderup Nissen.