Transsubstansiasjon er en lære om nattverden som sier at Jesu legeme og blod virkelig er til stede i nattverdens elementer, brødet og vinen.
Læren går ut på at brødets og vinens substans forvandles til Jesu (Kristi) legemes og blods substans, mens aksidensene (utseende, lukt, smak) forblir uforandret. Forutsetningen for læren er distinksjonen mellom substans (vesen), og aksidenser (tilfeldige egenskaper).
Transsubstansiasjon er et teologisk faguttrykk som har vært i bruk fra 1100-tallet. Læren forutsetter et aristotelisk begrepsapparat og fikk sin klassiske utforming av Thomas Aquinas.
Trientkonsilet uttalte at begrepet transsubstansiasjon er det mest passende for å beskrive forvandlingen av brødet og vinen til Kristi legeme og blod. Martin Luther foretrakk læren om konsubstansiasjon, nemlig at brødets substans og Kristi legemes substans sameksisterer.