Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SIX4
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| SIX4, AREC3, SIX homeobox 4 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 606342 MGI: 106034 HomoloGene: 69089 GeneCards: SIX4
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• sequence-specific DNA binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
|
---|
Клітинна компонента |
• цитоплазма • клітинне ядро • transcription regulator complex
|
---|
Біологічний процес |
• tongue development • trigeminal ganglion development • sarcomere organization • generation of neurons • regulation of branch elongation involved in ureteric bud branching • negative regulation of apoptotic process • positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis • transcription, DNA-templated • multicellular organism development • negative regulation of satellite cell differentiation • pharyngeal system development • anatomical structure morphogenesis • embryonic skeletal system morphogenesis • inner ear morphogenesis • myotome development • fungiform papilla morphogenesis • skeletal muscle fiber differentiation • positive regulation of ureteric bud formation • регуляція експресії генів • embryonic cranial skeleton morphogenesis • GO:1903374 anatomical structure development • regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction • olfactory placode formation • myoblast migration • thymus development • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • regulation of epithelial cell proliferation • metanephric mesenchyme development • male sex determination • skeletal muscle tissue development • GO:1904089 negative regulation of neuron apoptotic process • regulation of protein localization • male sex differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • male gonad development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • protein localization to nucleus
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 14: 60.71 – 60.72 Mb
| Хр. 12: 73.15 – 73.16 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
SIX4 (англ. SIX homeobox 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 781 амінокислот, а молекулярна маса — 82 933[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSSSSPTGQI | | ASAADIKQEN | | GMESASEGQE | | AHREVAGGAA | | VGLSPPAPAP |
FPLEPGDAAT | | AAARVSGEEG | | AVAAAAAGAA | | ADQVQLHSEL | | LGRHHHAAAA |
AAQTPLAFSP | | DHVACVCEAL | | QQGGNLDRLA | | RFLWSLPQSD | | LLRGNESLLK |
ARALVAFHQG | | IYPELYSILE | | SHSFESANHP | | LLQQLWYKAR | | YTEAERARGR |
PLGAVDKYRL | | RRKFPLPRTI | | WDGEETVYCF | | KEKSRNALKE | | LYKQNRYPSP |
AEKRHLAKIT | | GLSLTQVSNW | | FKNRRQRDRN | | PSETQSKSES | | DGNPSTEDES |
SKGHEDLSPH | | PLSSSSDGIT | | NLSLSSHMEP | | VYMQQIGNAK | | ISLSSSGVLL |
NGSLVPASTS | | PVFLNGNSFI | | QGPSGVILNG | | LNVGNTQAVA | | LNPPKMSSNI |
VSNGISMTDI | | LGSTSQDVKE | | FKVLQSSANS | | ATTTSYSPSV | | PVSFPGLIPS |
TEVKREGIQT | | VASQDGGSVV | | TFTTPVQINQ | | YGIVQIPNSG | | ANSQFLNGSI |
GFSPLQLPPV | | SVAASQGNIS | | VSSSTSDGST | | FTSESTTVQQ | | GKVFLSSLAP |
SAVVYTVPNT | | GQTIGSVKQE | | GLERSLVFSQ | | LMPVNQNAQV | | NANLSSENIS |
GSGLHPLASS | | LVNVSPTHNF | | SLSPSTLLNP | | TELNRDIADS | | QPMSAPVASK |
STVTSVSNTN | | YATLQNCSLI | | TGQDLLSVPM | | TQAALGEIVP | | TAEDQVGHPS |
PAVHQDFVQE | | HRLVLQSVAN | | MKENFLSNSE | | SKATSSLMML | | DSKSKYVLDG |
MVDTVCEDLE | | TDKKELAKLQ | | TVQLDEDMQD | | L |
Кодований геном білок за функціями належить до білків розвитку, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|