Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX18
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| SOX18, HLTS, HLTRS, SRY-box 18, SRY-box transcription factor 18 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 601618 MGI: 103559 HomoloGene: 7546 GeneCards: SOX18
|
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
hypotrichosis-lymphedema-telangiectasia syndrome (grouping)[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • protein heterodimerization activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• hair follicle development • establishment of endothelial barrier • hair cycle process • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • stem cell fate specification • lymphangiogenesis • blood vessel endothelial cell migration • lymphatic endothelial cell differentiation • endocardium formation • outflow tract morphogenesis • mRNA transcription by RNA polymerase II • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • cell maturation • endocardial cell differentiation • lymph vessel development • transcription, DNA-templated • embryonic heart tube development • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • heart looping • heart development • vasculature development • blood vessel development • Ангіогенез • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • regulation of stem cell proliferation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](https://cdn.statically.io/img/upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fc/PBB_GE_SOX18_219568_x_at_fs.png/250px-PBB_GE_SOX18_219568_x_at_fs.png) |
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 20: 64.05 – 64.05 Mb
| Хр. 2: 181.31 – 181.31 Mb
|
---|
PubMed search |
[2]
| [3] |
---|
Вікідані |
|
SOX18 (англ. SRY-box 18) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 384 амінокислот, а молекулярна маса — 40 891[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MQRSPPGYGA | | QDDPPARRDC | | AWAPGHGAAA | | DTRGLAAGPA | | ALAAPAAPAS |
PPSPQRSPPR | | SPEPGRYGLS | | PAGRGERQAA | | DESRIRRPMN | | AFMVWAKDER |
KRLAQQNPDL | | HNAVLSKMLG | | KAWKELNAAE | | KRPFVEEAER | | LRVQHLRDHP |
NYKYRPRRKK | | QARKARRLEP | | GLLLPGLAPP | | QPPPEPFPAA | | SGSARAFREL |
PPLGAEFDGL | | GLPTPERSPL | | DGLEPGEAAF | | FPPPAAPEDC | | ALRPFRAPYA |
PTELSRDPGG | | CYGAPLAEAL | | RTAPPAAPLA | | GLYYGTLGTP | | GPYPGPLSPP |
PEAPPLESAE | | PLGPAADLWA | | DVDLTEFDQY | | LNCSRTRPDA | | PGLPYHVALA |
KLGPRAMSCP | | EESSLISALS | | DASSAVYYSA | | CISG |
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|